Beberapa tahun setelah The Fruit of Grisaia…
Yang dulunya “Akademi Mihama”, tempat perlindungan bagi gadis-gadis muda, kini telah disulap menjadi sekolah pelatihan SORD (Organisasi Khusus untuk Penelitian & Pengembangan) yang didedikasikan untuk mengembangkan bakat pertahanan negara. Rena dan Maki ahli dalam senjata api, Tohka dan Gumi jago menembak jitu, Chris ahli dalam bahan peledak dan pemrosesan data, dan Murasaki adalah ninja terampil untuk operasi intelijen. Bersama-sama, mereka menangani kasus-kasus yang terlalu rumit untuk polisi atau Pasukan Bela Diri, berulang kali menghadapi misi-misi berbahaya. Inilah kisah gadis-gadis muda ini, yang berlumuran darah dan bubuk mesiu.
