Jougorou Kobato memiliki kebiasaan mencampuri masalah orang lain. Setelah menyadari bahwa kemampuan detektifnya tidak diinginkan atau dihargai, ia membuat perjanjian dengan temannya yang pemalu, Yuki Osanai, untuk menjadi orang biasa bersama. Memasuki SMA, mereka ingin dianggap sebagai orang biasa, namun Kobato mau tidak mau kembali ke cara berpikirnya yang deduktif ketika dihadapkan dengan misteri sehari-hari.
Sayangnya, kejadian-kejadian biasa bukanlah satu-satunya yang mereka temui. Saat menjalani masa sekolah mereka dengan berusaha menghindari perhatian, Kobato dan Osanai terkadang terjebak dalam insiden yang membahayakan rencana mereka untuk hidup damai dan biasa-biasa saja.
